Gündem

Neden bazı araştırmacılar koronavirüs verilerinin sınırsız paylaşımına karşı çıkıyor?

0

Moleküler biyolog Christian Happi Nijerya'daki laboratuvarında

Mikrobiyolog Christian Happi, Nijerya, Ede’deki Enfeksiyon Hastalıklarının Genomiği için Afrika Mükemmeliyet Merkezi’ndeki laboratuvarda çalışıyor.Kredi bilgileri: ACEGID

Abuja’daki Nijerya Hastalık Kontrol Merkezi’nde (CDC) moleküler biyomühendis olan Nnaemeka Ndodo, “Dün gece bütün gece ayaktaydım,” diyor. Gün boyunca koronavirüs genomlarını sıralıyor ve ardından sonuçları analiz ediyor ve geceleri meslektaşlarıyla birlikte yorulmadan çalışarak çevrimiçi bir veritabanına yüklüyor. “Cumartesiyi bilmiyoruz, Pazar gününü bilmiyoruz” diyor.

Dünyanın dört bir yanındaki araştırmacılar, mutasyona uğramış virüslerin aşılardan kaçıp kurtulamayacağını veya COVID-19’u daha ölümcül hale getirip getirmeyeceğini belirleyebilmek için koronavirüs SARS-CoV-2’nin varyantlarını tespit etmek için yarışıyor. Birçok bilim insanı gibi, Ndodo da SARS-CoV-2 genom dizilerini, kullanıcıların oturum açmasını ve verilerini analiz ettikleri kişilere kredi vermesini gerektiren popüler bir veri deposu olan GISAID’de paylaşır.

Ancak, çoğunluğu varlıklı ülkelerden olmak üzere, bilim adamlarından oluşan artan bir grup, sekansların veri tabanlarında hiç bekletilmeden paylaşılması gerektiğini savunuyor. Bunun, farklı veritabanlarından yüz binlerce genomu birleştiren devasa analizlerin sorunsuz bir şekilde akmasına ve dolayısıyla daha hızlı sonuç vermesine izin vereceğini söylüyorlar.

Tartışma, GenBank adlı kendi genom deposunu işleten ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri’nin (NIH) ve fon alanların bu kadar güçlü korumalara sahip olmayan sitelerde paylaşmaya teşvik etmeyi düşünen Bill & Melinda Gates Vakfı’nın dikkatini çekti. Doğa öğrendi.

Ancak pek çok araştırmacı – özellikle kaynakları kısıtlı ülkelerdekiler – geri adım atıyor. Onlar söyler Doğa bu koşulsuz yaklaşımda sömürü potansiyeli gördüklerini – ve GISAID’in beklemesinin en büyük cazibe merkezlerinden biri olduğunu çünkü GISAID’den dizileri analiz eden kullanıcıların bunları biriktirenleri kabul etmesini sağlıyor. Veri tabanı ayrıca, kullanıcıların mevduat sahipleriyle işbirliği yapmayı istemesini de talep eder.

Eşitsiz veri kullanımı korkusu, COVID-19 aşılarının yalnızca% 0,3’ünün düşük gelirli ülkelere gitmesi gerçeğiyle büyüyor. Afrika Enfeksiyon Hastalıkları Genomik Merkezi’nde mikrobiyolog olan Christian Happi, “Aşı yapmak veya güncellemek için kullanılan bir veri tabanına katkıda bulunmak için çok çalıştıklarını ve aşılara erişemeyeceğimizi düşünün,” diyor. Ede, Nijerya. Çok moral bozucu.

Kredi almak

GISAID, SARS-CoV-2 genom dizileri için en popüler depodur ve 4 Mayıs itibariyle 1,4 milyon diziye sahiptir. Yetersiz kaynaklara sahip laboratuvarlardan araştırmacılar, platformun kabul ve işbirliği koşulları nedeniyle onlara büyük veri analizlerine katılma veya kendi başlarına yapma şansı verdiğini söylüyorlar. Bunlar olmadan, Ndodo gibi araştırmacılar, saha çalışmaları ve laboratuar çalışmalarının meyvelerinin, bu tür görevlerle yükümlü olmayan bilgisayar bilimcileri tarafından toplanacağından endişe ediyorlar. Büyük veri analizleri, en üst düzey dergi yayınlarıyla sonuçlanabilir ve bu da, teşhis testleri ve aşılar gibi teknolojiler için kazançlı hibeler ve patentler sağlayabilir.

Lavanya Singh, Genomics laboratuvarı KRISP, UKZN'de

Araştırmacı Lavanya Singh, Güney Afrika’daki Durban’daki KwaZulu-Natal Üniversitesi’ndeki bir genomik laboratuarında örnekleri ele alıyor.Kredi: UKZN’de Tulio de Oliveira ve Paul Harris / KRISP

Kıta Afrika ve Güney Amerika, bu yılın Ocak ve Nisan ayları arasında GISAID’e katkıda bulundukları SARS-CoV-2 dizilerinin sayısını ikiye katladı. Kongo Demokratik Cumhuriyeti, Kinshasa’daki Ulusal Biyomedikal Araştırma Enstitüsü’ndeki (INRB) araştırmacılar için, bu dizileri paylaşma kararı başlangıçta endişeliydi. 2014-16 Ebola virüsü salgını sırasında Gine’de çalışırken, bir kıdemli bilim insanı Afrikalı araştırmacılar tarafından toplanan tüm örneklerin ülke dışına sevk edildiğini öğrenince alarma geçti. Bu örneklerdeki bilimsel makalelerin ve patentlerin çoğu zengin ülkelerden bilim adamları tarafından yazılmıştır. Gine’deki laboratuvarlar bu çalışmadan sürdürülebilir bir şekilde yararlanamadı ve bugün numuneleri sıralayamıyor.

Enstitüdeki mikrobiyolog Eddy Kinganda-Lusamaki, INRB’deki araştırmacıların SARS-CoV-2 genom verilerini paylaşmak konusunda temkinli olduklarını söylüyor. Ancak Kinganda, GISAID’in kredilendirme ve işbirliği gereksinimlerini gözden geçirdikten sonra, yayınlamadan önce verilerini paylaşmaya karar verdiklerini söyledi.

Ancak bu türden bir tedbir, büyüyen açık kaynak hareketine ters düşüyor. 4 Mayıs itibarıyla, araştırmacıların genom dizilerini kamuya açık alana koymalarını isteyen çevrimiçi bir mektup, üniversitelerde ve ilaç şirketlerinde 778 bilim insanı tarafından imzalandı – bunların% 99’u Avrupa, Amerika Birleşik Devletleri ve Kanada’da bulunuyor. Ocak ayı sonlarında mektubu yayınlayan grubun eş direktörü Rolf Apweiler, Cambridge, İngiltere yakınlarındaki Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü’nün Doğa, “Sıralama, bireysel araştırmacıların kariyerlerini zenginleştirmek için değil, bir pandemiyle savaşmak içindir.”

Güney Afrika, Durban’daki KwaZulu-Natal Araştırma ve İnovasyon ve Sıralama Platformunun direktörü Tulio de Oliveira aynı fikirde. Ancak, SARS-CoV-2’yi sıralayanlar için en acil hedefin, kendi ülkelerinin salgın tepkisine rehberlik etmek olduğunu ve hükümetlerin en çok kendi bilim adamlarını dinlediğini söylüyor.

Açık erişim gereksinimleri

Apweiler’ın mektubu geçtiğimiz günlerde NIH yönetmeni Francis Collins’in dikkatini çekti. 21 Nisan’da düzinelerce uluslararası bilim insanına gönderilen bir e-postada – isimsiz olarak Doğa – Collins, mektuba bağlantılar ve Doğa ve Bilim GISAID’in veri paylaşım politikaları ile ilgili şikayetler hakkında. NIH gibi küresel sağlık fon sağlayıcılarının, paylaşım konusunda standartları belirlemek için en iyi konumda olduklarını söylüyor ve verileri depolayan bilim adamlarının çıkarlarını korurken veri erişiminin nasıl iyileştirileceğini tartışmak için bir toplantı talep ediyor. Cape Town’daki Güney Afrika Tıbbi Araştırma Konseyi başkanı Glenda Gray, e-posta zincirinde, bir açık erişim gereksinimi gerçekleşirse, birçok bilim insanının paylaşmayı hızla durduracağını söyledi. “Dikkatli olunmazsa,” diye yazıyor, “veri saklama modeline ancak yayınlandıktan sonra geri dönülür, bu aylar hatta yıllar alabilir.”

Collins yorum talebine cevap vermedi. Doğa.

Gates Vakfı da veri paylaşımından bahsediyor. Addis Ababa’daki ajanstan bir mikrobiyolog olan Yenew Kebede Tebeje, Afrika Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezlerine gelecekte hibe alıcılarını sonuçlarını açık erişimli veri tabanlarında paylaşmaya teşvik edebileceğini söyledi. Gates Vakfı’nın bir temsilcisi, GISAID’nin veya herhangi bir erişilebilir veri tabanının genom dizilerini paylaşmak için yeterli olduğunu söylüyor, ancak yanıt vermedi Doğa‘nin gelecekteki gereksinimlerle ilgili sorusu.

Anonim bir başyazı, Güney Afrika çevrimiçi haber çıkışında 4 Mayıs’ta yayınlandı GİL Küresel Güney’deki bilim adamlarının ne sıklıkla kabul görmediği göz önüne alındığında, zengin ülkelerden gelen açık verilere yönelik bir itmenin şüpheli olduğunu savunuyor. Yazı işleri, “Yeni sömürgeci zihniyet bilim camiasına uzun zamandır nüfuz etti” diyor.

Bununla birlikte, sömürü korkuları Apweiler’ın fikrini değiştirmedi. “Düşük ve orta gelirli ülkelere odaklanmak tuhaf çünkü veri miktarları nispeten az” diyor. Afrika, GISAID’e yaklaşık 13.000 sekans yükledi ve Güney Amerika, örneğin yalnızca Birleşik Krallık’tan yaklaşık 380.000 sekans yükledi.

Ancak diğerleri, COVID-19 oranları Avrupa ve Amerika Birleşik Devletleri’nde düştükçe, düşük ve orta gelirli ülkelerde az sayıda aşı ile tehlikeli varyantların ortaya çıkma olasılığının daha yüksek olduğunu belirtiyor. Brezilya’daki São Paulo Üniversitesi Tropikal Tıp Enstitüsü’nde ve Imperial College London’da hesaplamalı virolog olan Nuno Faria, bu yerlerden gelen sekansların bu nedenle talep göreceğini söylüyor. Brezilyalı araştırmacılar GISAID ile ilgili verileri paylaştıkları için Faria, aşıları biraz daha az etkili hale getirdiği görülen P.1 varyantına dikkat çekiyor.1, şu anda ülkede dizilenen tüm koronavirüs genomlarının% 82’sini oluşturduğu biliniyor. Ve P.1’in de yayıldığı Peru’da araştırmacılar, GISAID veri depolayanlara koruma sağlamazsa, muhtemelen daha az paylaşım olacağını söylüyorlar.

Profesör

Müonun manyetik momenti için tahmin, parçacık fiziğinin standart modelinin bir testini bilgilendirir.

Previous article

Gol! SpaceX, 4 Fiery Arızasının Ardından Devasa Yıldız Gemisi Roketini Güvenle İniş Yaptı

Next article

You may also like

Comments

Comments are closed.

More in Gündem