Gündem

Milyon yıllık DNA, mamutların genomik tarihine ışık tutuyor

0

  • 1.

    Allentoft, ME ve diğerleri. Kemikteki DNA’nın yarı ömrü: 158 tarihli fosilde çürüme kinetiğini ölçmek. Proc. R. Soc. Lond. B 279, 4724–4733 (2012).

    Google Scholar CAS

  • 2.

    Orlando, L. vd. Yeniden kalibre ediliyor Equus Erken bir Orta Pleistosen atının genom dizisini kullanarak evrim. Doğa 499, 74–78 (2013).

    ADS CAS PubMed Google Scholar

  • 3.

    Skoglund, P. vd. Avrupa’daki Neolitik çiftçilerin ve avcı-toplayıcıların kökenleri ve genetik mirası. Bilim 336, 466–469 (2012).

    ADS CAS PubMed Google Scholar

  • 4.

    Green, RE vd. Neandertal genomunun taslak dizisi. Bilim 328, 710–722 (2010).

    ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 5.

    Palkopoulou, E. vd. Tam genomlar, yünlü mamuttaki demografik ve genetik düşüşlerin işaretlerini ortaya koyuyor. Curr. Biol. 25, 1395–1400 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 6.

    Weir, JT & Schluter, D. Buz tabakaları kuzey kuşlarında türleşmeyi teşvik eder. Proc. R. Soc. Lond. B 271, 1881–1887 (2004).

    Google Scholar

  • 7.

    Lister, AM Kuvaterner Buz Çağlarının memeli evrimi üzerindeki etkisi. Phil. Trans. R. Soc. Lond. B 359, 221–241 (2004).

    Google Scholar

  • 8.

    Lister, AM, Sher, AV, van Essen, H. & Wei, G. Avrasya’da mamut evriminin modeli ve süreci. Quat. Int. 126–128, 49–64 (2005).

    Google Scholar

  • 9.

    Werdelin, L. & Sanders, WJ (editörler) Afrika’nın Senozoik Memelileri (Univ. California Press, 2010).

  • 10.

    Lister, AM & Sher, AV Evrimi ve mamutların Kuzey Yarımküre boyunca yayılması. Bilim 350, 805–809 (2015).

    ADS CAS PubMed Google Scholar

  • 11.

    Repenning, CA Allophaiomys ve Olyor Süiti Çağı, Krestovka Bölümleri, Yakutia (ABD Hükümeti Basım Ofisi, 1992).

  • 12.

    Dabney, J. vd. Ultra kısa DNA parçalarından yeniden yapılandırılmış bir Orta Pleistosen mağara ayısının tam mitokondriyal genom dizisi. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 110, 15758–15763 (2013).

    ADS CAS PubMed Google Scholar

  • 13.

    Briggs, AW vd. Deamine sitozinlerin uzaklaştırılması ve antik DNA’da in vivo metilasyonun saptanması. Nükleik Asitler Res. 38, e87 (2010).

    PubMed Google Scholar

  • 14.

    Meyer, M. & Kircher, M. Illumina dizileme kütüphanesi hazırlığı yüksek oranda çoklanmış hedef yakalama ve dizileme için. Cold Spring Harb. Protoc. 2010, db.prot5448 (2010).

    Google Scholar

  • 15.

    Palkopoulou, E. vd. Soyu tükenmiş ve yaşayan fillerin kapsamlı bir genomik geçmişi. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 115, E2566 – E2574 (2018).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 16.

    Rohland, N. vd. Proboscidean mitogenomikleri: mastodon’u dış grup olarak kullanan fil evriminin kronolojisi ve modu. PLoS Biol. 5, e207 (2007).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 17.

    Meyer, M. vd. Arkaik bir Denisovalı bireyden yüksek kapsamlı bir genom dizisi. Bilim 338, 222–226 (2012).

    ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 18.

    Chang, D. vd. Yünlü mamutların evrimsel ve filocoğrafik tarihi: kapsamlı bir mitogenomik analiz. Sci. Rep. 7, 44585 (2017).

    ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 19.

    Pečnerová, P. vd. Hayatta kalan son yünlü mamut popülasyonundaki mitogenom evrimi, küçük popülasyon büyüklüğünün nötr ve işlevsel sonuçlarını ortaya çıkarır. Evol. Mektup. 1, 292–303 (2017).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 20.

    Barnes, I. vd. Tüylü mamutun genetik yapısı ve neslinin tükenmesi, Mammuthus primigenius. Curr. Biol. 17, 1072–1075 (2007).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 21.

    Pickrell, JK & Pritchard, JK Genom genom allel frekans verilerinden popülasyon bölünmeleri ve karışımlarının çıkarımı. PLoS Genet. 8, e1002967 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 22.

    Patterson, N. vd. İnsanlık tarihindeki eski katkılar. Genetik 192, 1065–1093 (2012).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 23.

    Leppälä, K., Nielsen, SV & Mailund, T. admixturegraph: katkı grafiğinin manipülasyonu ve yerleştirilmesi için bir R paketi. Biyoinformatik 33, 1738–1740 (2017).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 24.

    Skov, L. vd. Katıştırılmamış bir grup kullanarak arkaik introgresyonu tespit etmek. PLoS Genet. 14, e1007641 (2018).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 25.

    Lynch, VJ vd. Filid genomları, Kuzey Kutbu’na yünlü mamut adaptasyonlarının moleküler temellerini ortaya koyuyor. Cell Rep. 12, 217–228 (2015).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 26.

    Mallet, J. Hybrid türleşmesi. Doğa 446, 279–283 (2007).

    ADS CAS PubMed Google Scholar

  • 27.

    Lucas, SG, Morgan, GS, Love, DW & Connell, SD İlk Kuzey Amerika mamutları: Erken Irvingtonian’ın (Erken Pleistosen) taksonomisi ve kronolojisi Mamutus New Mexico’dan. Quat. Int. 443, 2–13 (2017).

    Google Scholar

  • 28.

    Gansauge, M.-T. & Meyer, M. Eski veya hasar görmüş DNA’nın dizilemesi için tek sarmallı DNA kitaplığı hazırlığı. Nat. Protokoller 8, 737–748 (2013).

    PubMed Google Scholar

  • 29.

    John, JS SeqPrep: adaptörleri soymak ve / veya üst üste binen eşleştirilmiş okumaları tek okumalarda birleştirmek için bir araç. GitHub https://github.com/jstjohn/SeqPrep (2011).

  • 30.

    Schubert, M. vd. Antik DNA okuma haritalamasını modern referans genomlara göre geliştirmek. BMC Genomics 13, 178 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 31.

    Li, H. Hizalama dizisi okur, dizileri klonlar ve BWA-MEM ile montaj kontigleri. Https://arxiv.org/abs/1303.3997 (2013) adresinde ön baskı.

  • 32.

    Feuerborn, TR vd. Rekabetçi haritalama, eski faunal genomik veri setlerinde insan DNA kontaminasyonunun tanımlanmasına ve hariç tutulmasına izin verir. BMC Genomics 21, 844 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 33.

    Li, H. vd. Sıra Hizalama / Harita biçimi ve SAMtools. Biyoinformatik 25, 2078–2079 (2009).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 34.

    Jónsson, H., Ginolhac, A., Schubert, M., Johnson, PLF & Orlando, L. mapDamage2.0: antik DNA hasar parametrelerinin hızlı yaklaşık Bayes tahminleri. Biyoinformatik 29, 1682–1684 (2013).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 35.

    Skoglund, P. vd. Bir Sibirya Neandertalinde endojen antik DNA’yı günümüzdeki kirlenmeden ayırmak. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 111, 2229–2234 (2014).

    ADS CAS PubMed Google Scholar

  • 36.

    Korneliussen, TS, Albrechtsen, A. & Nielsen, R. ANGSD: yeni nesil dizileme verilerinin analizi. BMC Biyoinformatik 15, 356 (2014).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 37.

    Smit, AFA, Hubley, R. & Green, P. RepeatMasker Open-4.0, 2013–2015. http://www.repeatmasker.org (2015).

  • 38.

    Green, RE vd. Yüksek verimli sıralama ile belirlenen tam bir Neandertal mitokondriyal genom dizisi. Hücre 134, 416–426 (2008).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 39.

    Edgar, RC MUSCLE: yüksek doğruluk ve yüksek verim ile çoklu dizi hizalama. Nükleik Asitler Res. 32, 1792–1797 (2004).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 40.

    Meyer, M. vd. Avrasya’daki düz dişli fillerin palaeogenomları, fil evrimi hakkındaki mevcut görüşe meydan okuyor. eLife 6, e25413 (2017).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 41.

    Yang, Z. Siteler üzerinden değişken oranlara sahip DNA dizilerinden maksimum olasılık filogenetik tahmini: yaklaşık yöntemler. J. Mol. Evol. 39, 306–314 (1994).

    ADS CAS PubMed Google Scholar

  • 42.

    Darriba, D., Taboada, GL, Doallo, R. & Posada, D. jModelTest 2: daha fazla model, yeni buluşsal yöntem ve paralel hesaplama. Nat. Yöntemler 9, 772 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 43.

    Suchard, MA vd. BEAST 1.10 kullanarak Bayes filogenetik ve filodinamik veri entegrasyonu. Virus Evol. 4, vey016 (2018).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 44.

    Gill, MS vd. Bayesian popülasyon dinamiği çıkarımını geliştirme: çoklu lokuslar için birleşik tabanlı bir model. Mol. Biol. Evol. 30, 713–724 (2013).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 45.

    Lefort, V., Desper, R. & Gascuel, O. FastME 2.0: kapsamlı, doğru ve hızlı mesafe tabanlı bir filogeni çıkarım programı. Mol. Biol. Evol. 32, 2798–2800 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 46.

    Liu, L. vd. Pigme domuz üzerinde yapılan genomik analiz, yaban domuzu büyümesi sırasında yoğun melezleşmeyi ortaya koymaktadır. Nat. Yaygın. 10, 1992 (2019).

    ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 47.

    Doğru genom hizalaması için Frith, MC, Hamada, M. & Horton, P. Parametreler. BMC Biyoinformatik 11, 80 (2010).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 48.

    McLaren, W. vd. Ensembl varyant etkisi tahmin edici. Genom Biol. 17, 122 (2016).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 49.

    Eden, E., Navon, R., Steinfeld, I., Lipson, D. & Yakhini, Z. GOrilla: sıralanmış gen listelerinde zenginleştirilmiş GO terimlerinin keşfi ve görselleştirilmesi için bir araç. BMC Biyoinformatik 10, 48 (2009).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 50.

    Yang, Z. PAML 4: maksimum olasılıkla filogenetik analiz. Mol. Biol. Evol. 24, 1586–1591 (2007).

    Google Scholar CAS

  • Profesör

    Bilim Adamları Nesli Tükenmekte Olan Siyah Ayaklı Gelincikleri İlk Kez Klonladılar Ve Sevimli

    Previous article

    DNA hasarı onarım odaklarının oluşumu için bir mekanizma olarak döngü ekstrüzyonu

    Next article

    You may also like

    Comments

    Comments are closed.

    More in Gündem