By Clouaire, T., Marnef, A. & Legube, G. Zorlu DSB’leri evcilleştirme: ATM görev başında. DNA Onarımı (Amst.) 56, 84–91 (2017).
McCord, RP, Kaplan, N. & Giorgetti, L. Kromozom konformasyonunun yakalanması ve ötesi: kromozom yapısı ve işlevinin bütünleştirici bir görünümüne doğru. Mol. Hücre 77, 688–708 (2020).
Arnould, C. & Legube, G. Kromozomun gizli yaşamı, DNA’nın çift iplikli kopması üzerine döngüleri. J. Mol. Biol. 432, 724–736 (2020).
Rogakou, EP, Boon, C., Redon, C. & Bonner, WM Megabase kromatin alanları, in vivo DNA çift sarmal kırılmalarında yer alır. J. Hücre Biol. 146, 905–916 (1999).
Clouaire, T. vd. DNA çift sarmal kırılmalarında histon modifikasyonlarının kapsamlı haritalaması, kromatin imzalarının onarımını deşifre eder. Mol. Hücre 72, 250–262.e6 (2018).
Stewart, GS, Wang, B., Bignell, CR, Taylor, AMR & Elledge, SJ MDC1, memeli DNA hasarı kontrol noktasının bir aracısıdır. Doğa 421, 961–966 (2003).
Caron, P. vd. Cohesin, genleri DNA çift iplikli kırılmalarla indüklenen γH2AX’a karşı korur. PLoS Genet. 8, e1002460 (2012).
Natale, F. vd. DNA hasar tepkisinin temel yapısal birimlerinin tanımlanması. Nat. Yaygın. 8, 15760 (2017).
Ochs, F. vd. Kromatin topolojisinin stabilizasyonu, genom bütünlüğünü korur. Doğa 574, 571–574 (2019).
Iacovoni, JS ve diğerleri. Memeli genomundaki DNA çift sarmal kırılmaları etrafında γH2AX’ın yüksek çözünürlüklü profili. EMBO J. 29, 1446–1457 (2010).
Chang, L.-H., Ghosh, S. & Noordermeer, D. TADS ve sınırları: serbest hareket mi yoksa bir duvar inşa etmek mi? J. Mol. Biol. 432, 643–652 (2020).
Caron, P. vd. DNA çift sarmallı kırılmalara yanıt olarak ATM ve DNA-PKc’lerin yedeksiz işlevleri. Cell Rep. 13, 1598–1609 (2015).
Schwarzer, W. vd. Kohezin giderimi ile ortaya çıkan iki bağımsız kromatin organizasyon modu. Doğa 551, 51–56 (2017).
Rao, SSP ve diğerleri. Cohesin kaybı, tüm döngü alanlarını ortadan kaldırır. Hücre 171, 305–320.e24 (2017).
Gelot, C. vd. Kohezin kompleksi, uzak DNA çift iplikli uçların uç birleşmesini önler. Mol. Hücre 61, 15–26 (2016).
Meisenberg, C. vd. DNA kırılmalarında transkripsiyonun bastırılması, fazlar arası kohezin gerektirir ve genom kararsızlığını önler. Mol. Hücre 73, 212–223.e7 (2019).
Potts, PR, Porteus, MH & Yu, H. İnsan SMC5 / 6 kompleksi, SMC1 / 3 kohezin kompleksini çift sarmallı kırılmalara dahil ederek kardeş kromatid homolog rekombinasyonunu teşvik eder. EMBO J. 25, 3377–3388 (2006).
Ström, L., Lindroos, HB, Shirahige, K. & Sjögren, C. DNA onarımı için kohezinin çift sarmallı kırılmalara sonradan replikatif olarak alınması gerekir. Mol. Hücre 16, 1003–1015 (2004).
Ünal, E. vd. DNA hasarı yanıt yolu, çift sarmallı kırılmaya özgü bir kohezin alanı oluşturmak için histon modifikasyonunu kullanır. Mol. Hücre 16, 991–1002 (2004).
Covo, S., Westmoreland, JW, Gordenin, DA & Resnick, MA Cohesin, homolog kromozomlar arasında DNA hasarının neden olduğu rekombinasyonun baskılanması için sınırlayıcıdır. PLoS Genet. 6, e1001006 (2010).
Davidson, IF vd. İnsan kohezini ile DNA halkası ekstrüzyonu. Bilim 366, 1338–1345 (2019).
Fudenberg, G. vd. Döngü ekstrüzyonu ile kromozomal alanların oluşumu. Cell Rep. 15, 2038–2049 (2016).
Kim, Y., Shi, Z., Zhang, H., Finkelstein, IJ & Yu, H. İnsan kohezini, DNA’yı döngü ekstrüzyonu ile sıkıştırır. Bilim 366, 1345–1349 (2019).
Vian, L. vd. Kohezin ekstrüzyonunun enerji ve fizyolojik etkisi. Hücre 173, 1165–1178.e20 (2018).
Schmitt, AD vd. Kromatin temas haritalarının bir özeti, insan genomundaki uzamsal olarak aktif bölgeleri ortaya koyuyor. Cell Rep. 17, 2042–2059 (2016).
Mirny, LA, Imakaev, M. & Abdennur, N. Kromozom organizasyonunun iki ana mekanizması. Curr. Opin. Hücre Biol. 58, 142–152 (2019).
Barrington, C. vd. Artırıcı erişilebilirliği ve CTCF doluluğu, asimetrik TAD mimarisinin ve hücre tipine özgü genom topolojisinin temelini oluşturur. Nat. Yaygın. 10, 2908 (2019).
Aymard, F. vd. Transkripsiyonel olarak aktif kromatin, DNA çift iplikli kırılmalarda homolog rekombinasyonu devreye sokar. Nat. Struct. Mol. Biol. 21, 366–374 (2014).
Wutz, G. vd. Topolojik olarak ilişkili alanlar ve kromatin döngüleri kohezine bağlıdır ve CTCF, WAPL ve PDS5 proteinleri tarafından düzenlenir. EMBO J. 36, 3573–3599 (2017).
Haarhuis, JHI vd. Kohezin salım faktörü WAPL, kromatin döngü uzantısını kısıtlar. Hücre 169, 693-707.e14 (2017).
Dauban, L. vd. Eco1 ve diğer ortaklar tarafından kohezin aracılı kromozom katlanmasının düzenlenmesi. Mol. Hücre 77, 1279–1293.e4 (2020).
Lee, C.-S., Lee, K., Legube, G. & Haber, çift iplikli bir kırılmaya yanıt olarak maya histon H2A ve H2B fosforilasyonunun JE Dinamikleri. Nat. Struct. Mol. Biol. 21, 103–109 (2014).
Sanders, JT ve diğerleri. Radyasyona bağlı DNA hasarı ve 3D genom organizasyonu üzerindeki onarım etkileri. Nat. Yaygın. 11, 6178 (2020).
Kim, B.-J. et al. İnsan hücrelerinde iyonlaştırıcı radyasyona yanıt olarak önceden var olan kohezin bölgelerinde kohezin bağlanmasının genom çapında güçlendirilmesi. J. Biol. Kimya. 285, 22784–22792 (2010).
Kim, S.-T., Xu, B. & Kastan, ATM’ye bağlı ve DNA hasarına bağımsız yanıtlarda kohezin proteini, Smc1’in MB Katılımı. Genes Dev. 16, 560–570 (2002).
Collins, PL vd. DNA çift iplikli kırılmalar, temasa bağlı bir şekilde H2Ax fosforilasyon alanlarını indükler. Nat. Yaygın. 11, 3158 (2020).
Li, K., Bronk, G., Kondev, J. & Haber, JE Yeast ATM ve ATR kinazlar, histon H2A fosforilasyonunu bir DNA çift iplikli kırılma etrafına yaymak için farklı mekanizmalar kullanır. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 117, 21354–21363 (2020).
Liu, Y. vd. Talep üzerine çok hızlı CRISPR. Bilim 368, 1265–1269 (2020).
Zhang, Y. vd. Fizyolojik V (D) J rekombinasyonunda kromatin halka ekstrüzyonunun temel rolü. Doğa 573, 600–604 (2019).
Zhang, X. vd. Antikor sınıfı anahtarlamada kromatin halka ekstrüzyonunun temel rolleri. Doğa 575, 385–389 (2019).
Gothe, HJ ve diğerleri. Uzamsal kromozom katlanması ve aktif transkripsiyon, DNA kırılganlığını ve onkojenik MLL translokasyonlarının oluşumunu yönlendirir. Mol. Hücre 75, 267–283.e12 (2019).
Canela, A. vd. Topoizomeraz II’nin neden olduğu kromozom kırılması ve translokasyonu, kromozom mimarisi ve transkripsiyonel aktivite ile belirlenir. Mol. Hücre 75, 252–266.e8 (2019).
Mangeot, PE vd. Cas9-sgRNA ribonükleoproteinlerle yüklenmiş viral türevli Nanoblades kullanılarak birincil hücrelerde ve in vivo genom düzenleme. Nat. Yaygın. 10, 45 (2019).
Marnef, A. vd. Kohezin / HUSH ve LINC’ye bağlı bir yol, ribozomal DNA çift iplikli kırılma onarımını kontrol eder. Genes Dev. 33, 1175–1190 (2019).
Morawska, M. & Ulrich, HD Tomurcuklanan mayada oksin ile indüklenebilir degron sistemi için genişletilmiş bir araç kiti. Maya 30, 341–351 (2013).
Matelot, M. & Noordermeer, D. Dairesel kromozom konformasyon yakalama (4C-seq) kullanarak yüksek çözünürlüklü 3D kromatin organizasyonunun belirlenmesi. Yöntemler Mol. Biol. 1480, 223–241 (2016).
Klein, FA vd. FourCSeq: 4C sıralama verilerinin analizi. Biyoinformatik 31, 3085–3091 (2015).
David, FPA ve diğerleri. HTSstation: yüksek verimli sıralama veri analizi için bir web uygulaması ve açık erişimli kitaplıklar. PLoS ONE 9, e85879 (2014).
Kojic, A. vd. 3B kromozom organizasyonunda kohezin-SA1 ve kohezin-SA2’nin farklı rolleri. Nat. Struct. Mol. Biol. 25, 496–504 (2018).
Comments