Gündem

DNA hasarı onarım odaklarının oluşumu için bir mekanizma olarak döngü ekstrüzyonu

0

  • 1.

    Clouaire, T., Marnef, A. & Legube, G. Zorlu DSB’leri evcilleştirme: ATM görev başında. DNA Onarımı (Amst.) 56, 84–91 (2017).

    Google Scholar CAS

  • 2.

    McCord, RP, Kaplan, N. & Giorgetti, L. Kromozom konformasyonunun yakalanması ve ötesi: kromozom yapısı ve işlevinin bütünleştirici bir görünümüne doğru. Mol. Hücre 77, 688–708 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 3.

    Arnould, C. & Legube, G. Kromozomun gizli yaşamı, DNA’nın çift iplikli kopması üzerine döngüleri. J. Mol. Biol. 432, 724–736 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 4.

    Rogakou, EP, Boon, C., Redon, C. & Bonner, WM Megabase kromatin alanları, in vivo DNA çift sarmal kırılmalarında yer alır. J. Hücre Biol. 146, 905–916 (1999).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 5.

    Clouaire, T. vd. DNA çift sarmal kırılmalarında histon modifikasyonlarının kapsamlı haritalaması, kromatin imzalarının onarımını deşifre eder. Mol. Hücre 72, 250–262.e6 (2018).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 6.

    Stewart, GS, Wang, B., Bignell, CR, Taylor, AMR & Elledge, SJ MDC1, memeli DNA hasarı kontrol noktasının bir aracısıdır. Doğa 421, 961–966 (2003).

    CAS PubMed ADS Google Bilgini

  • 7.

    Caron, P. vd. Cohesin, genleri DNA çift iplikli kırılmalarla indüklenen γH2AX’a karşı korur. PLoS Genet. 8, e1002460 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 8.

    Natale, F. vd. DNA hasar tepkisinin temel yapısal birimlerinin tanımlanması. Nat. Yaygın. 8, 15760 (2017).

    CAS PubMed PubMed Central ADS Google Scholar

  • 9.

    Ochs, F. vd. Kromatin topolojisinin stabilizasyonu, genom bütünlüğünü korur. Doğa 574, 571–574 (2019).

    CAS PubMed ADS Google Bilgini

  • 10.

    Iacovoni, JS ve diğerleri. Memeli genomundaki DNA çift sarmal kırılmaları etrafında γH2AX’ın yüksek çözünürlüklü profili. EMBO J. 29, 1446–1457 (2010).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 11.

    Chang, L.-H., Ghosh, S. & Noordermeer, D. TADS ve sınırları: serbest hareket mi yoksa bir duvar inşa etmek mi? J. Mol. Biol. 432, 643–652 (2020).

    Google Scholar CAS

  • 12.

    Caron, P. vd. DNA çift sarmallı kırılmalara yanıt olarak ATM ve DNA-PKc’lerin yedeksiz işlevleri. Cell Rep. 13, 1598–1609 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 13.

    Schwarzer, W. vd. Kohezin giderimi ile ortaya çıkan iki bağımsız kromatin organizasyon modu. Doğa 551, 51–56 (2017).

    PubMed PubMed Central ADS Google Scholar

  • 14.

    Rao, SSP ve diğerleri. Cohesin kaybı, tüm döngü alanlarını ortadan kaldırır. Hücre 171, 305–320.e24 (2017).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 15.

    Gelot, C. vd. Kohezin kompleksi, uzak DNA çift iplikli uçların uç birleşmesini önler. Mol. Hücre 61, 15–26 (2016).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 16.

    Meisenberg, C. vd. DNA kırılmalarında transkripsiyonun bastırılması, fazlar arası kohezin gerektirir ve genom kararsızlığını önler. Mol. Hücre 73, 212–223.e7 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 17.

    Potts, PR, Porteus, MH & Yu, H. İnsan SMC5 / 6 kompleksi, SMC1 / 3 kohezin kompleksini çift sarmallı kırılmalara dahil ederek kardeş kromatid homolog rekombinasyonunu teşvik eder. EMBO J. 25, 3377–3388 (2006).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 18.

    Ström, L., Lindroos, HB, Shirahige, K. & Sjögren, C. DNA onarımı için kohezinin çift sarmallı kırılmalara sonradan replikatif olarak alınması gerekir. Mol. Hücre 16, 1003–1015 (2004).

    PubMed Google Scholar

  • 19.

    Ünal, E. vd. DNA hasarı yanıt yolu, çift sarmallı kırılmaya özgü bir kohezin alanı oluşturmak için histon modifikasyonunu kullanır. Mol. Hücre 16, 991–1002 (2004).

    PubMed Google Scholar

  • 20.

    Covo, S., Westmoreland, JW, Gordenin, DA & Resnick, MA Cohesin, homolog kromozomlar arasında DNA hasarının neden olduğu rekombinasyonun baskılanması için sınırlayıcıdır. PLoS Genet. 6, e1001006 (2010).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 21.

    Davidson, IF vd. İnsan kohezini ile DNA halkası ekstrüzyonu. Bilim 366, 1338–1345 (2019).

    CAS PubMed ADS Google Bilgini

  • 22.

    Fudenberg, G. vd. Döngü ekstrüzyonu ile kromozomal alanların oluşumu. Cell Rep. 15, 2038–2049 (2016).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 23.

    Kim, Y., Shi, Z., Zhang, H., Finkelstein, IJ & Yu, H. İnsan kohezini, DNA’yı döngü ekstrüzyonu ile sıkıştırır. Bilim 366, 1345–1349 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central ADS Google Scholar

  • 24.

    Vian, L. vd. Kohezin ekstrüzyonunun enerji ve fizyolojik etkisi. Hücre 173, 1165–1178.e20 (2018).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 25.

    Schmitt, AD vd. Kromatin temas haritalarının bir özeti, insan genomundaki uzamsal olarak aktif bölgeleri ortaya koyuyor. Cell Rep. 17, 2042–2059 (2016).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 26.

    Mirny, LA, Imakaev, M. & Abdennur, N. Kromozom organizasyonunun iki ana mekanizması. Curr. Opin. Hücre Biol. 58, 142–152 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 27.

    Barrington, C. vd. Artırıcı erişilebilirliği ve CTCF doluluğu, asimetrik TAD mimarisinin ve hücre tipine özgü genom topolojisinin temelini oluşturur. Nat. Yaygın. 10, 2908 (2019).

    PubMed PubMed Central ADS Google Scholar

  • 28.

    Aymard, F. vd. Transkripsiyonel olarak aktif kromatin, DNA çift iplikli kırılmalarda homolog rekombinasyonu devreye sokar. Nat. Struct. Mol. Biol. 21, 366–374 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 29.

    Wutz, G. vd. Topolojik olarak ilişkili alanlar ve kromatin döngüleri kohezine bağlıdır ve CTCF, WAPL ve PDS5 proteinleri tarafından düzenlenir. EMBO J. 36, 3573–3599 (2017).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 30.

    Haarhuis, JHI vd. Kohezin salım faktörü WAPL, kromatin döngü uzantısını kısıtlar. Hücre 169, 693-707.e14 (2017).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 31.

    Dauban, L. vd. Eco1 ve diğer ortaklar tarafından kohezin aracılı kromozom katlanmasının düzenlenmesi. Mol. Hücre 77, 1279–1293.e4 (2020).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 32.

    Lee, C.-S., Lee, K., Legube, G. & Haber, çift iplikli bir kırılmaya yanıt olarak maya histon H2A ve H2B fosforilasyonunun JE Dinamikleri. Nat. Struct. Mol. Biol. 21, 103–109 (2014).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 33.

    Sanders, JT ve diğerleri. Radyasyona bağlı DNA hasarı ve 3D genom organizasyonu üzerindeki onarım etkileri. Nat. Yaygın. 11, 6178 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 34.

    Kim, B.-J. et al. İnsan hücrelerinde iyonlaştırıcı radyasyona yanıt olarak önceden var olan kohezin bölgelerinde kohezin bağlanmasının genom çapında güçlendirilmesi. J. Biol. Kimya. 285, 22784–22792 (2010).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 35.

    Kim, S.-T., Xu, B. & Kastan, ATM’ye bağlı ve DNA hasarına bağımsız yanıtlarda kohezin proteini, Smc1’in MB Katılımı. Genes Dev. 16, 560–570 (2002).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 36.

    Collins, PL vd. DNA çift iplikli kırılmalar, temasa bağlı bir şekilde H2Ax fosforilasyon alanlarını indükler. Nat. Yaygın. 11, 3158 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central ADS Google Scholar

  • 37.

    Li, K., Bronk, G., Kondev, J. & Haber, JE Yeast ATM ve ATR kinazlar, histon H2A fosforilasyonunu bir DNA çift iplikli kırılma etrafına yaymak için farklı mekanizmalar kullanır. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 117, 21354–21363 (2020).

    Google Scholar CAS

  • 38.

    Liu, Y. vd. Talep üzerine çok hızlı CRISPR. Bilim 368, 1265–1269 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central ADS Google Scholar

  • 39.

    Zhang, Y. vd. Fizyolojik V (D) J rekombinasyonunda kromatin halka ekstrüzyonunun temel rolü. Doğa 573, 600–604 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central ADS Google Scholar

  • 40.

    Zhang, X. vd. Antikor sınıfı anahtarlamada kromatin halka ekstrüzyonunun temel rolleri. Doğa 575, 385–389 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central ADS Google Scholar

  • 41.

    Gothe, HJ ve diğerleri. Uzamsal kromozom katlanması ve aktif transkripsiyon, DNA kırılganlığını ve onkojenik MLL translokasyonlarının oluşumunu yönlendirir. Mol. Hücre 75, 267–283.e12 (2019).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 42.

    Canela, A. vd. Topoizomeraz II’nin neden olduğu kromozom kırılması ve translokasyonu, kromozom mimarisi ve transkripsiyonel aktivite ile belirlenir. Mol. Hücre 75, 252–266.e8 (2019).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 43.

    Mangeot, PE vd. Cas9-sgRNA ribonükleoproteinlerle yüklenmiş viral türevli Nanoblades kullanılarak birincil hücrelerde ve in vivo genom düzenleme. Nat. Yaygın. 10, 45 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central ADS Google Scholar

  • 44.

    Marnef, A. vd. Kohezin / HUSH ve LINC’ye bağlı bir yol, ribozomal DNA çift iplikli kırılma onarımını kontrol eder. Genes Dev. 33, 1175–1190 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 45.

    Morawska, M. & Ulrich, HD Tomurcuklanan mayada oksin ile indüklenebilir degron sistemi için genişletilmiş bir araç kiti. Maya 30, 341–351 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 46.

    Matelot, M. & Noordermeer, D. Dairesel kromozom konformasyon yakalama (4C-seq) kullanarak yüksek çözünürlüklü 3D kromatin organizasyonunun belirlenmesi. Yöntemler Mol. Biol. 1480, 223–241 (2016).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 47.

    Klein, FA vd. FourCSeq: 4C sıralama verilerinin analizi. Biyoinformatik 31, 3085–3091 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 48.

    David, FPA ve diğerleri. HTSstation: yüksek verimli sıralama veri analizi için bir web uygulaması ve açık erişimli kitaplıklar. PLoS ONE 9, e85879 (2014).

    PubMed PubMed Central ADS Google Scholar

  • 49.

    Kojic, A. vd. 3B kromozom organizasyonunda kohezin-SA1 ve kohezin-SA2’nin farklı rolleri. Nat. Struct. Mol. Biol. 25, 496–504 (2018).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Profesör

    Milyon yıllık DNA, mamutların genomik tarihine ışık tutuyor

    Previous article

    100 asırlıktan fazla kişi, uzun ömür için bir biyobelirteci ortaya çıkarmaya yardımcı oluyor: Araştırma Özeti

    Next article

    You may also like

    Comments

    Comments are closed.

    More in Gündem