Gündem

Baz çifti çözünürlüğünde genom mimarisini tanımlama

0

  • 1.

    Sanborn, AL ve ark. Kromatin ekstrüzyonu, vahşi tip ve mühendislik genomlarında döngü ve alan oluşumunun temel özelliklerini açıklar. Proc. Natl Acad. bilim Amerika Birleşik Devletleri 112, E6456–E6465 (2015).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 2.

    Lieberman-Aiden, E. ve ark. Uzun menzilli etkileşimlerin kapsamlı haritalanması, insan genomunun katlanma ilkelerini ortaya koyuyor. Bilim 326, 289–293 (2009).

    ADS CAS Makalesi Google Akademik

  • 3.

    Hsieh, TS, Fudenberg, G., Goloborodko, A. & Rando, OJ Micro-C XL: nükleozomdan tüm genoma kromozom konformasyonunun tahlili. Nat. yöntemler 13, 1009–1011 (2016).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 4.

    Krietenstein, N. et al. Memeli kromozom mimarisinin ultrastrüktürel detayları. Mol. Hücre 78, 554–565.e7 (2020).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 5.

    Hsieh, TS ve ark. Transkripsiyona bağlı memeli kromatin katlanmasının 3B manzarasının çözülmesi. Mol. Hücre 78, 539–553.e8 (2020).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 6.

    Schoenfelder, S. et al. Promotörleri uzun menzilli etkileşim elemanlarına bağlayan pluripotent düzenleyici devre. Genom Res. 25, 582–597 (2015).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 7.

    van de Werken, HJ ve ark. Düzenleyici DNA etkileşimlerini taramak için sağlam 4C-seq veri analizi. Nat. yöntemler 9, 969–972 (2012).

    Makale Google Akademik

  • 8.

    Davies, JO ve ark. Büyük ölçüde geliştirilmiş hassasiyette kromozom konformasyonunun çoğullanmış analizi. Nat. yöntemler 13, 74-80 (2016).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 9.

    Davies, JO, Oudelaar, AM, Higgs, DR & Hughes, JR Kromozomal etkileşimler en iyi nasıl belirlenir: yaklaşımların karşılaştırılması. Nat. yöntemler 14, 125–134 (2017).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 10.

    Kornberg, RD Kromatin yapısı: tekrarlayan bir histon ve DNA birimi. Bilim 184, 868-871 (1974).

    ADS CAS Makalesi Google Akademik

  • 11.

    Neph, S. et al. Transkripsiyon faktörü ayak izlerinde kodlanmış geniş bir insan düzenleyici sözlüğü. Doğa 489, 83–90 (2012).

    ADS CAS Makalesi Google Akademik

  • 12.

    Hughes, JR ve ark. Yüzlerce analiz cis– Tek bir yüksek verimli deneyde yüksek çözünürlükte düzenleyici manzaralar. Gece. Genet. 46, 205–212 (2014).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 13.

    Tan-Wong, SM ve ark. Gen döngüleri, transkripsiyonel yönlülüğü arttırır. Bilim 338, 671–675 (2012).

    ADS CAS Makalesi Google Akademik

  • 14.

    Hanssen, LLP ve ark. Dokuya özgü CTCF-kohezin aracılı kromatin mimarisi, geliştirici etkileşimlerini sınırlar ve in vivo işlevi görür. Nat. Hücre Biyolojisi. 19, 952–961 (2017).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 15.

    .Hentges, LD, Sergeant, MJ, Downes, DJ, Hughes, JR & Taylor, S. LanceOtron: ATAC-seq, ChIP-seq ve DNase-seq için derin öğrenme zirve arayan. https://doi.org/10.1101/2021.01.25.428108 (2021) adresinde ön baskı.

  • 16.

    He, Q., Johnston, J. & Zeitlinger, J. ChIP-nexus, in vivo transkripsiyon faktörü bağlama ayak izlerinin gelişmiş tespitini sağlar. Nat. biyoteknoloji. 33, 395-401 (2015).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 17.

    Oudelaar, AM ve ark. Tek alel kromatin etkileşimleri, dinamik bölümlere ayrılmış alanlarda düzenleyici merkezleri tanımlar. Gece. Genet. 50, 1744-1751 (2018).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 18.

    Whyte, WA ve ark. Ana transkripsiyon faktörleri ve aracı, anahtar hücre kimlik genlerinde süper güçlendiriciler oluşturur. Hücre 153, 307–319 (2013).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 19.

    Hay, D. et al. α-globin süper arttırıcının in vivo genetik diseksiyonu. Gece. Genet. 48, 895–903 (2016).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 20.

    Canver, MC et al. BCL11A Cas9 aracılı in situ doyurucu mutajenez ile güçlendirici diseksiyon. Doğa 527, 192–197 (2015).

    ADS CAS Makalesi Google Akademik

  • 21.

    Ran, FA ve ark. CRISPR–Cas9 sistemini kullanan genom mühendisliği. Nat. protokoller 8, 2281–2308 (2013).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 22.

    Trakarnsanga, K. ve ark. Ölümsüzleştirilmiş bir yetişkin insan eritroid hattı, sürdürülebilir ve ölçeklenebilir fonksiyonel kırmızı hücrelerin üretimini kolaylaştırır. Nat. Yaygın. 8, 14750 (2017).

    ADS CAS Makalesi Google Akademik

  • 23.

    Mettananda, S. et al. β-talasemi tedavisi olarak birincil insan hematopoietik kök hücrelerinde bir a-globin arttırıcının düzenlenmesi. Nat. Yaygın. 8, 424 (2017).

    ADS Makalesi Google Akademik

  • 24.

    Bak, RO, Dever, DP & Porteus, MH CRISPR/Cas9 insan hematopoietik kök hücrelerinde genom düzenleme. Nat. protokoller 13, 358–376 (2018).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 25.

    Scott, C. ve ark. Konjenital diseritropoietik anemi tip I’de (CDA-I) eritropoezin tekrarı, farklılaşma ve nükleolar anormalliklerdeki kusurları tanımlar. hematoloji https://doi.org/10.3324/haematol.2020.260158 (2020).

  • 26.

    Magoč, T. & Salzberg, SL FLASH: genom düzeneklerini iyileştirmek için kısa okumaların hızlı uzunluk ayarı. biyoinformatik 27, 2957–2963 (2011).

    Makale Google Akademik

  • 27.

    Kent, WJ BLAT—BLAST benzeri hizalama aracı. Genom Res. 12, 656–664 (2002).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 28.

    Langmead, B. & Salzberg, SL Bowtie 2 ile hızlı boşluklu okuma hizalaması. Nat. yöntemler 9, 357–359 (2012).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 29.

    Fornes, O. ve ark. JASPAR 2020: transkripsiyon faktörü bağlama profillerinin açık erişim veritabanının güncellenmesi. Nükleik Asitler Res. 48, D87–D92 (2020).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 30.

    Khan, A. et al. JASPAR 2018: transkripsiyon faktörü bağlama profillerinin açık erişim veritabanının ve web çerçevesinin güncellenmesi. Nükleik Asitler Res. 46, D260–D266 (2018).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 31.

    Telenius, J. & Hughes, JR NGseqBasic – ATAC-seq, DNaseI-seq, Kes-ve-Çalıştır ve ChIP-seq veri eşleme, yüksek çözünürlüklü görselleştirme ve kalite kontrol için tek komutlu bir UNIX aracı. https://doi.org/10.1101/393413 (2018) adresinde ön baskı.

  • 32.

    Feng, J., Liu, T., Qin, B., Zhang, Y. & Liu, XS MACS kullanarak ChIP-seq zenginleştirmesinin belirlenmesi. Nat. protokoller 7, 1728–1740 (2012).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 33.

    Zacher, B. ve ark. GenoSTAN tarafından 127 ENCODE ve Roadmap Epigenomics hücre tipleri ve dokularında doğru promotör ve güçlendirici tanımlaması. PLoS BİR 12, e0169249 (2017).

    Makale Google Akademik

  • 34.

    Fisher, RA Araştırma Görevlileri için İstatistiksel Yöntemler 5. baskı (Oliver ve Boyd, 1932).

  • 35.

    Kent, WJ ve ark. UCSC’deki insan genom tarayıcısı. Genom Res. 12, 996–1006 (2002).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 36.

    Quinlan, AR & Hall, IM BEDTools: genomik özellikleri karşılaştırmak için esnek bir yardımcı program paketi. biyoinformatik 26, 841-842 (2010).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 37.

    Kowalczyk, MS ve ark. İntragenik geliştiriciler, alternatif destekleyiciler olarak işlev görür. Mol. Hücre 45, 447–458 (2012).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 38.

    Stadler, MB et al. DNA bağlayıcı faktörler, distal düzenleyici bölgelerde fare metilomunu şekillendirir. Doğa 480, 490–495 (2011).

    ADS CAS Makalesi Google Akademik

  • 39.

    Papa, BD ve ark. Topolojik olarak ilişkili alanlar, çoğaltma zamanlaması düzenlemesinin kararlı birimleridir. Doğa 515, 402–405 (2014).

    ADS CAS Makalesi Google Akademik

  • 40.

    Hosseini, M. ve ark. Kendilenmiş fareler arasındaki kromatin varyasyonunun nedenleri ve sonuçları. PLoS Genet. 9, e1003570 (2013).

    CAS Makalesi Google Akademik

  • 41.

    ENCODE Proje Konsorsiyumu. İnsan genomundaki DNA elemanlarının entegre bir ansiklopedisi. Doğa 489, 57–74 (2012).

    ADS Makalesi Google Akademik

  • Profesör

    Kuantumla geliştirilmiş doğrusal olmayan mikroskopi | Doğa

    Previous article

    Değişken olmayan topolojik yüklerin ve uç durumların deneysel gözlemi

    Next article

    You may also like

    Comments

    Comments are closed.

    More in Gündem