Gündem

Acemi bir kodlayıcı tarafından biyoinformatik için bir çizgi film kılavuzu

0

Kodlama ve biyoinformatik ile ilgili karikatürlerden oluşan kolaj.

Kredi bilgileri: Ed Sky Blue

Kariyerim, bilgisayarların biyolojik bilimlerde sadece bir kolaylık olduğu 1990’ların başında başladı. Şimdi, onlar vazgeçilmez bir keşif aracı. 2000 yılında, bitki genetiği alanında doktoramın son yılında, ilk tam bitki genomunun yayınlandığı ve yalnızca bir bilgisayar terminali aracılığıyla erişilebilen bir bilgi hazinesinin aniden ortaya çıktığı görüldü. O zamanlar ‘biyoinformatik’ terimine aşina değildim, ancak bilgisayarların büyük veri kümelerinden yararlı bilgiler çıkarmak için gerekli olduğu fikri geçerliliğini koruyordu.

Şimdi, San Luis Obispo’daki California Politeknik Eyalet Üniversitesi’nde profesörüm. Bir biyolog olarak kodlama, DNA’yı çıkarmak ve jelleri çalıştırmak kadar benim ve öğrencilerimin geleceğinin büyük bir parçası olacak.

Geride bırakılmadığımı düşünmek hoşuma gidiyor (sonuçta araştırma ilgi alanlarım listemde ismimin yanında “Biyoinformatik” yazıyor), bu yüzden kodlamayı öğrendim. Bundan gerçekten zevk aldım, ama her zaman kolay olmadı.

Yüksek lisans öğrencisiyken karikatür çizmeye başladım ve resimlerimin çoğu biyoloji laboratuvarlarını ve orada çalışan insanları belgeliyor. Bu yeni beceriyi öğrenirken bazı deneyimlerimi yakalamanın iyi bir yolu olabileceğini ve biyoinformatik dünyasında bir şeyler anlamaya çalışan diğer deneysel biyologlarla rezonansa girebileceklerini düşündüm.

Bana sık sık sorulur: ilerleme kaydetmenin en iyi yolu nedir? Cevabım, ne yaptığını bilen birinin yanında durmak.

Karikatür: Bir kişi diğerinin ofis bölmesine eğilir.  Altyazı: "Çok meşgul değilseniz..."

Kredi bilgileri: Ed Sky Blue

Bir hayal edin: monitörüne dikkatle bakan bir iş arkadaşınızın bir metre arkasında duruyorsunuz. Sizi hissederler, başlarını işlerinden kaldırırlar ve sıcak bir şekilde şöyle derler: “Biraz yardım istiyor gibisin. Otur!” Aslında, bu asla olmaz. Yine de hiçbir şey ilerleme olasılığınızı sizden daha fazla kodlama deneyimine sahip birine yakın olmaktan daha fazla artıramaz. Gururunu yut ve (kibarca) sözünü kes. Tecrübelerime göre, iyi tanımlanmış bir soruyla yardım isterseniz ve meslektaşlarınızın zamanına saygı duyarsanız, onlar her zaman yardımcı olurlar.

İşte diğer bazı genel sorular ve benim tavsiyem.

Çizgi film: Siyah duman yayan bilgisayar.  Altyazı: "İşte senin sorunun... 18. satırda fazladan bir parantez var."

Kredi bilgileri: Ed Sky Blue

Bir hata mesajı aldım. Bundan sonra ne yapacağım?

Başlarken, hata mesajları başka bir dilde yazılmış gibiydi: Beynim kapanmadan önce sadece birkaç satır okuyabiliyordum ve mesajları görmezden gelinmesi gereken ‘gürültü’ olarak görmezden geliyordum.

Zamanla, hata mesajlarını okumaya değer olduğunu öğrendim ve kolaylaşıyor. Açık bir tavsiye gibi görünüyor, ama benim onu ​​benimsemem biraz zaman aldı. Hatalarınızı ve hata mesajlarınızı özellikle Google’a bildirin. Bu sorunla ilgilenen ilk kişi siz değilsiniz: Bir başkasının sorunu çözmüş ve bu konuda paylaşımda bulunmuş olma ihtimali yüksektir.

Çizgi film: Ev eşyalarından yapılmış bir arabada iki kişi merakla üçte birine bakar.  Altyazı: "Beni gitmem gereken yere götürüyor."

Kredi bilgileri: Ed Sky Blue

Kodumun ‘güzel’ olmadığından endişelenmeli miyim?

Kodunuzun neden çalışmaya başladığını bilmiyor olabilirsiniz, ancak Google aramanızdan yapıştırdığınız satırlar işi yapıyor gibi görünüyordu. Kodunuzu kullanan tek kişi sizseniz, genellikle onunla gitmek mantıklıdır.

Kısa ve anlaşılır olacak şekilde rafine edilmiş, başkalarının bilgisayarlarında çalışacak ve gereksiz hesaplama işlemlerinden kaçınacak koda doğru çalışmak güzel bir hedeftir. Ancak, öğrenirken güzellik hakkında çok fazla endişelenmek sizi geri tutabilir. Kodumun çoğu birlikte Arnavut kaldırımlı.

Çizgi film: Bir kişi masasını bir mikropipet üzerine dayamış olarak gösteriyor.  Altyazı: "Mikropipetimi her gün kullanıyorum!"

Kredi bilgileri: Ed Sky Blue

Laboratuvar becerilerimi kaybeder miyim?

2013’te tamamen hesaplamaya dayalı bir bitki evrimi araştırma grubuyla – pipet, şişe veya bitki olmadan – staj yaptım ve heyecan verici bir deneyimdi. Dizüstü bilgisayarım ve bir fincan kahve ile gerçek bir bilimsel keşif yapma fikri ilk başta kulağa pastoral geliyordu. Ancak bir süre sonra jel sürmek çok çekici gelmeye başladı. Laboratuvarıma döndükten sonra, masa üstü ve dizüstü bilgisayar arasında bir denge bulmaktan gerçekten keyif aldım.

Çizgi film: Bir kişinin dolambaçlı bir dizi boruya top düşürdüğünü gösteren iki panel.  Başlık: Test durumu.

Kredi bilgileri: Ed Sky Blue

Kodumu test etmenin en iyi yolu nedir?

2015 yılında bir bilgisayar bilimcisi ile biyoinformatik dersi vermeye başladım. Biyoloji öğrencileri bilgisayar bilimi öğrencileriyle eşleştirildi; biyologlar bir soru tanımlayacak ve uygun veri setini (genellikle DNA dizileri) belirleyecek, ardından bilgisayar bilimcileri sorunu çözmeye yardımcı olmak için kod yazacaktı. Kod, test için biyologlara geri verilecekti – ve işte burada işler genellikle karmaşık hale geldi. Örneğin, program bir DNA zincirinin tamamlayıcısını bulmak için yazılmışsa, biyologlar bütün bir gen dizisini yapıştırır ve ardından çıktıya bakar, genellikle A, G, C ve T tufanı nedeniyle potansiyel sorunları kaçırırdı.

Bilgisayar bilimcileri ve mühendisleri, bir test senaryosu kavramına aşinadır: Kodunuzun parçalarını hızlı bir şekilde değerlendirmenize olanak tanıyan basit bir girdiler ve tahmin edilen çıktılar kümesi. Bazı nedenlerden dolayı, biyoinformatik öğrenen biyoloji öğrencileri bu kavramı benimsemekte zorluk çekiyorlar. 10 kilobaytlık gen dizisini yapıştırarak başlamayın. “AA” yazın – size “TT”yi geri vermezse, yapacak işiniz var demektir.

Altyazı: Bir oduncu, kötü doğranmış bir ağacın yanında çırpma teli tutan biriyle konuşuyor.  Altyazı: "Sanırım işi hallettin."

Kredi bilgileri: Ed Sky Blue

Birden fazla programlama dili öğrenmem gerekiyor mu?

Her birinin kendi güçlü yönleri ve uygulamaları olan birçok dil arasından seçim yapabilirsiniz. Hepsini öğrenmeli misin? Yoksa sadece bir tanesini öğrenip sonra inatla her sorunu çözmek için mi kullanmalısınız?

Pratik çözüm bu uç noktalar arasında yer alır. Bir biyoinformatik laboratuvarına katılmadan önce, hesaplamalı biyologlar arasında popüler olduğunu bildiğim iki genel amaçlı dil olan Python ve PERL hakkında kitaplar satın aldım. Laboratuvara gittiğimde, benim yapmak istediğim işi yapan herkes, biyolojiyle ilgili büyük bir yazılım ‘paketleri’ kütüphanesi olan, faydalı şeyler yapan önceden yazılmış kod parçaları olan R’yi kullanıyordu. Python ve PERL kitapları masamın üzerinde duruyordu.

Öğrenilecek en iyi dil, çevrenizdeki uzmanların kullandığı dildir. İyi haber şu ki, bir dil öğrenmek, ihtiyacınız olanı başka bir dilde bulmanızı kolaylaştırıyor (bkz. ‘Kaynaklar’).

Çizgi film: Kişi kodlama kitapları ve bir dizüstü bilgisayarla dolu masaya vuruyor.  Altyazı: "Belki de Excel'de kalmalıydım."

Kredi bilgileri: Ed Sky Blue

Tüm bu kodlama gerçekten gerekli mi?

Bir noktada, muhtemelen kendinize kodlamayı öğrenmek için harcadığınız zamanın (sorun giderme, Google hata mesajları, deneme ve başarısız olma ve başkalarından yardım alma) gerçekten buna değip değmeyeceğini soracaksınız. R’de yapmak için saatler harcayabilecekken neden bu grafiği Excel’de hızlı bir şekilde yapasınız?

Benim için kodlama öğrenme eğrisinde ilerlemek yeni ve ilginç araştırmaların önünü açtı, öğrencilerim için daha iyi bir akıl hocası yaptı ve bana bir memnuniyet duygusu verdi. Aynı zamanda son derece aktarılabilir bir beceridir: kodlamayı bir araç olarak kullanmak için yeterince iyi olduğunuzda, daha önce düşünmediğiniz birçok görev için kullanışlı hale gelecektir. Buna bağlı kalmanı öneririm.

Bu arada, hesaplamalı çalışmanın bir başka avantajı da herhangi bir güvenlik tertibatına gerek olmamasıdır.

Çizgi film: Bilgisayar başında tehlikeli madde giysisi giymiş kişi.  Altyazı: Janet, sadece bir virüs genomu oluşturuyorsan giyinmene gerek yok.

Kredi bilgileri: Ed Sky Blue

Profesör

‘Tam’ insan genom dizisi açıklandı

Previous article

Fillerin hortumları güçlü emme makineleridir : Araştırmadan Öne Çıkanlar

Next article

You may also like

Comments

Comments are closed.

More in Gündem