Gündem

ABD koronavirüs takibi neden ilgili varyantlara ayak uyduramıyor?

0

Genomik dizileme için koronavirüs örnekleri, Durham, NC, ABD'deki Duke Üniversitesi Bonsignori Laboratuvarı'nda açıldı.

Araştırmacılar, Kuzey Carolina, Durham’daki Duke Üniversitesi’nde genomik sıralama için SARS-CoV-2 örneklerini paketinden çıkarıyor.Katkı Sağlayanlar: Pete Kiehart / New York Times / Redux / eyevine

Amerika Birleşik Devletleri’nde COVID-19 vakaları tekrar yükselirken, koronavirüs varyantları da artıyor. Ancak araştırmacılar, ülkenin koronavirüs SARS-CoV-2’nin gözetimini çok yavaş artırdığından ve bu varyantlara izin verdiğinden korkuyor – ki bu kanıt gösteriyor1,2 aşıları daha az etkili hale getirebilir – hastalıktan en çok etkilenen ülkelerden birinde fark edilmeden yayılabilir.

ABD hükümeti tarafından desteklenen laboratuvarlar, son iki ayda SARS-CoV-2 genomlarını sıralama oranlarını iki katına çıkardı. Yine de, ülkenin Mart ayında çevrimiçi genom deposu GISAID’de paylaştığı genom sayısı, o ayki pozitif COVID-19 vakalarının yalnızca% 1,6’sını temsil ediyordu. Ve GISAID verilerine göre Amerika Birleşik Devletleri, salgın boyunca yaptığı sıralamada en az 30 ülkenin gerisinde kalıyor.

Bu araştırmacıları hayal kırıklığına uğratıyor çünkü Amerika Birleşik Devletleri çok daha fazlasını yapacak donanıma ve uzmanlığa sahip. California, La Jolla’daki Scripps Araştırma Enstitüsü’nden bir immünolog olan Kristian Andersen, “Her vakadan 100 kat fazla SARS-CoV-2 sıralaması yapmaya yetecek kadar sıralayıcımız var” diyor.

Amerika Birleşik Devletleri’nin önde gelen virüs dizileme laboratuvarlarından bazılarında çalışan bir düzine akademik araştırmacı, Doğa bir dizi sorunun ülkeyi geride tuttuğunu söylüyor. Geçen yıl, üniversite laboratuvarları ülkedeki koronavirüs dizilemesinin çoğunu yapıyordu. Şirketler ve hükümet laboratuvarları artık çabaya katkıda bulunarak, GISAID’deki sekansların yaklaşık% 40’ından hala sorumlular.

ABD Başkanı Joe Biden, Ocak ayında göreve geldikten hemen sonra yönetimi için bir öncelik olarak varyant gözetlemeyi listeledi ve bu, o ay açıklanan COVID-19 yardım fonlarından 19 milyar ABD dolarının bir kısmını alacak bir müdahale önlemi olarak belirlendi. Ancak araştırmacılar, federal paranın yeterince hızlı akmadığını ve örneklerin ve verilerin paylaşılmasındaki sistemik sorunların onların hızlanmasını engellediğini söylüyor.

Denememek için değil. ABD Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezleri (CDC) ayrıca üniversite, hükümet ve şirket laboratuvarlarında gözetimi genişletmek için 200 milyon dolarlık yatırım yapıyor ve bu laboratuvarlardaki araştırmacıları birbirine bağlamak ve verileri izlemek için girişimler başlattı. Ajans, akademik laboratuarların eyalet sağlık departmanları ile ortak olduğu uzun süredir devam eden Yükselen Enfeksiyonlar Programının bir parçası olarak birkaç üniversiteyi finanse etmeye devam ediyor. Ancak bu ölçekte genomik sürveyans daha önce hiçbir yerde gerçekleşmedi – ve parçalanmış ABD sağlık sistemi koordinasyonu devasa bir görev haline getiriyor, araştırmacılar hemfikir. Hastaneler, teşhis testi laboratuvarları, yerel sağlık departmanları ve sıralama merkezleri nadiren birbirleriyle uyum içinde çalıştılar.

Berkeley’deki California Üniversitesi’nde epidemiyolog olan Art Reingold, “En büyük zorluk, tek bir sağlık sistemimizin olmaması” diyor. “Bu bir kabus.”

Sivilceli gözetim

SARS-CoV-2’yi test etmek için, araştırmacılar bir örnekten RNA’yı çıkarır ve virüsün göstergesi olan genetik parçaları araştırır. Pandemi sırasında test merkezleri haline gelen bazı üniversite laboratuvarları, zaman ve para izin verdiğinde virüslerin tüm genomlarını sıralayarak, onları geçen yıl sürveyans çabalarının ön sıralarına koydu. Seattle’daki Washington Üniversitesi (UW) klinik viroloji bölümünde hesaplamalı biyolog Pavitra Roychoudhury, “Sıralayıcılarımız pandeminin başlangıcından beri uğultu yapıyor” diyor. Ancak malzemeler ve araştırmacılara ödeme yapmak için para eksikliği, Roychoudhury’nin laboratuvarının haftada yaklaşık 1.000 genomluk toplam kapasitesini dizilemesini sık sık engelledi.

Geride kalma: Amerika Birleşik Devletleri'nin COVID-19 vakalarının nispeten azının genomlarını sıraladığını gösteren çubuk grafik.

Kaynaklar: GISAID, COVID-19 Genomics UK Consortium ve Covid-19 CG

Mali kısıtlamalara rağmen, laboratuvarı ve diğerleri sıralamanın önemini gösterdi. Örneğin, Scripps’te Andersen’in ekibi, Ocak ayının başlarında Kaliforniya’da ortaya çıkan ilk koronavirüs varyantını – Birleşik Krallık’ta ortaya çıkan B.1.1.7 varyantını belirledi. “San Diego şu anda% 50 B.1.1.7’de ve çok yakında sahip olduğumuz her şey B.1.1.7 olacak,” diyor ve bu varyantın gösterildiğini ekliyor3 COVID-19’dan daha yüksek ölüm riski ile ilişkilendirmek için.

CDC, üniversitelerdeki, şirketlerdeki ve devlet laboratuvarlarındaki araştırmacıları birbirine bağlamak için geçen bahar Halk Sağlığı Acil Müdahalesi, Epidemiyoloji ve Gözetleme (SPHERES) adlı bir program başlatarak sürveyansa yardımcı olmaya çalıştı. Bu varlıklar arasında bir bilgi akışı oluşturmada başarılı olmasına rağmen, SPHERES finansman sağlamadı ve bu nedenle sıralama oranlarını önemli ölçüde artırmadı.

CDC’nin İleri Moleküler Tayin Ofisi’nin baş bilim sorumlusu Duncan MacCannell, CDC’nin şu anda üniversiteye, sağlık departmanına ve şirket laboratuvarlarına fon sağlamasıyla, ülkenin dizilişinin yakında hızlanacağını söylüyor. Mart ayında, Amerika Birleşik Devletleri’nden yaklaşık 29.000 koronavirüs dizisi, dizilen tüm genomları içermese de dünyadaki en çok SARS-CoV-2 dizisine sahip olan GISAID’e yüklendi. Ancak Amerika Birleşik Devletleri’ndeki COVID-19 enfeksiyonlarının mevcut hızında, ülkenin tüm vakaların% 5’ini sıralamak için haftada yaklaşık 23.000 diziye ulaşması gerekiyor ve bu, ortaya çıkan varyantları tespit etmek için yeterli kabul edilen bir kriter. (Bu rakam bir modelleme çalışmasından geliyor4 medRxiv ön baskı sunucusunda meslektaş incelemesi olmadan yayınlandı ve San Diego, California merkezli biyoteknoloji şirketi Illumina tarafından finanse edildi.)

Örnekleri kaydetme

Ancak birkaç laboratuvardaki araştırmacılar, numune eksikliğinin finansman eksikliği kadar büyük bir sorun olduğunu söylüyor. Seattle’daki UW Northwest Genomics Center’da bir genom bilimci olan Lea Starita, “Her hafta kolayca 1.500 örnek çalıştırabilirdik, ancak yaklaşık 380 örnek çalıştırıyoruz,” diyor. “Birinin örnekleri dağıtmaya istekli olması gerekiyor.”

Sorun şu ki, COVID-19 testlerinin çoğu, düzenli olarak genomik sıralama yapmayan şirketlerde teşhis laboratuvarlarında gerçekleştiriliyor. Bu laboratuvarlar, numuneleri test ettikten sonra sıklıkla atıyor, çünkü onları kurtarmak fazladan işçilik ve depolama gerektiriyor.

Ancak bir sağlık bakanlığı münferit bir vakayla ilgili daha derin bir araştırma istiyorsa, yetkililer yakındaki bir üniversiteden araştırmacılardan numuneyi sıralamalarını isteyebilir. “Öyleyse geri dönmek için çabalamalıyız. [testing] laboratuvarı ve deyin ki, Bay Jones’un örneği hala sizde mi? Onu kurtar! Onu kurtar! Tennessee, Nashville’deki Vanderbilt Üniversitesi’nde enfeksiyon hastalıkları uzmanı olan ve CDC’nin Gelişen Enfeksiyonlar Programının bir parçası olarak Tennessee Sağlık Departmanı ile birlikte çalışan William Schaffner, bu büyük bir zorluk ”diyor. Bazı test siteleri örneği kaydetmeyecek. Reingold, başkaları gizlilik veya özel nedenlerle bunu paylaşmayacaklarını açıklıyor.

CDC, sorunların fazlasıyla farkındadır. MacCannell, “Çok dağıtılmış bir test sistemimiz ve numunelere bağlı kalmaya teşvik edilmeyen özel test laboratuvarlarımız var” diyor. O ve meslektaşları, teşhis laboratuvarlarının kendi dizilemelerini geliştirmelerine veya bunu yapabilen laboratuvarlarla bağlantı kurmalarına yardımcı oluyor. Ajans ayrıca, halk sağlığı laboratuvarlarının koronavirüs sürveyansı için akademik kurumlarla nasıl ortak olabileceği konusunda rehberlik sağladı. MacCannell, “Uzun süredir devam eden hedeflerimizden biri, halk sağlığı sistemi boyunca akademisyenlerle etkileşim kurmanın daha iyi yollarını bulmak” diyor.

Veri akışı

Massachsuetts, Cambridge’deki Broad Institute of MIT ve Harvard gibi bazı üniversite laboratuvarları, pandemi boyunca büyük test merkezleri olarak hizmet verdikleri için numune alma konusunda sorun yaşamıyorlar. Eyaletlerindeki sağlık departmanları ve hastaneler zaten örnekleri bu laboratuarlara gönderiyordu. Ancak görüşülen her araştırmacı Doğa – CDC’deki MacCannell dahil – örneklerle bağlantılı bilgi eksikliğinden şikayet etti.

Varyantların koronavirüsü daha bulaşıcı hale getirip getirmediğini ve varyantların koronavirüsün aşılardan veya önceki bir enfeksiyondan doğal bağışıklıktan kaçmasına yardım edip etmediğini ortaya çıkarmak için bu tür verilere ihtiyaç vardır. Bu bilgiler, bir numunenin gittiği yol boyunca kırıntılar gibi dağılmıştır, ancak hastaneler, sağlık departmanları ve laboratuarlar genellikle gizlilik veya özel nedenlerden dolayı verileri yayınlama konusunda isteksizdir. Berkeley’deki California Üniversitesi Yenilikçi Genomik Enstitüsü’nde hesaplamalı genomikçi olan Stacia Wyman, “Neye izin verildiğini bilmek zor ve halk sağlığı departmanlarının bunun için çok büyük bir bant genişliği yok” diyor.

MacCannell, yığın halindeki verilerin CDC için yıllardır bir sorun olduğunu söylüyor. “Tarihsel olarak, hastalık sürveyansı çok zordu çünkü birçok eyalet, kamuya açık veritabanlarında sağlanan ayrıntılardan rahatsız oluyor.” Ancak, koronavirüs varyantlarını takip etme ihtiyacının bu sorunun profilini yükselttiğini ve bunun, bağlantısız kurumlardaki araştırmacıların hayat kurtarabilecek bilgileri paylaşmanın yollarını bulmalarına yardımcı olacağını umuyor.

Bu bağlamda, geçen ay başlatılan bireysel COVID-19 vakalarıyla ilgili kimliksiz verileri paylaşmak için bir platform. Ve platforma fon sağlayan hayırsever bir kuruluş olan Rockefeller Vakfı, genomik dizileme ve politikaları bilgilendirmeye yardımcı olacak şekilde sunulan analizlerden elde edilen verileri dahil etmek amacıyla daha da büyük bir sürüm oluşturma planlarını duyurdu.

Bununla birlikte, MacCannell ve diğer araştırmacılar, CDC gibi bir devlet kurumunun, örneklerin sıralama laboratuvarlarına geçmesini veya verilerin akışını engelleyen bürokrasiyi kesmek için en iyi konumda olduğunu savunuyorlar. MacCannell, “Bunu yapabileceğimize ve çevik olabileceğimize ikna oldum” diyor. “Ama biliyorsun, bir pandemide zorlayıcı.”

Profesör

Yayıncı Düzeltmesi: Kurumuş sıvı damlalarından kaynaklanan halka lekelerinin nedeni olarak kılcal akış

Previous article

Aşıların nadir görülen yan etkilerinin araştırılması neden bu kadar zordur?

Next article

You may also like

Comments

Comments are closed.

More in Gündem